Universitas Djuanda didirikan berdasarkan Surat Keputusan Badan Pengurus Yayasan PSPI Nomor : 83/YPSPI/III/87 tanggal 21 Maret 1987. Gagasan untuk mendirikan Lembaga Pendidikan Tinggi dalam bentuk Universitas yang kemudian bernama Universitas Djuanda (UNIDA).  
Kemudian pada tanggal 1 Mei 1987, Badan Pengurus Yayasan PSPI mengangkat Prof. Dr. Asikin Natasasmita, M.Sc. sebagai Rektor pertama Universitas Djuanda untuk Periode 1987 - 1991.
Adapun nama Pimpinan Universitas Djuanda pada periode 1987 - 1991 adalah sebagai berikut :

Tahun 1990 tanggal 19 Desember telah terjadi penggantian Pembantu Rektor I dari Kiagus Abdul Aziz, Ir.,M.Sc. kepada Prof. Dr. H.R. Anggorodi, sehingga susunan Pimpinan Universitas Djuanda adalah :

Dalam tahun 1990 tanggal 19 Desember terjadi pergantian Pembantu Rektor II dari DR. MO. Tambunan kepada Lukmansjah Masputra, Drs.,S.H. Sehingga susunan Pimpinan Universitas Djuanda adalah :

Dalam tahun 1994 tanggal 25 Maret terjadi pergantian Pembantu Rektor II dari Lukmansjah Masputra, Drs.,S.H. kepada M. Amin Soebianto, S.H. sehingga susunan Pimpinan Universitas Djuanda adalah :

Dalam tahun 1998 tanggal 25 Maret terjadi pergantian Pembantu Rektor II dari M. Amin Soebianto, kepada Nadarsyah Mahdur, Drs. ,Ak. sehingga susunan Pimpinan Universitas Djuanda adalah :

Universitas Djuanda mempunyai 6 (enam) Fakultas yang menyelenggarakan 15 (lima belas) jurusan yaitu :

Kelima fakultas pertama, didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. Nomor : 043/0/1988 tanggal 30 April 1988.
Setelah Universitas Djuanda mulai beroperasi sejak tahun 1987, maka tahun 1990 hingga tahun 1994 telah mendapat status dengan perincian sebagai berikut :
Tanggal 21 Februari 1990 dengan keputusan menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 0108/0/90 keputusan status terdaftar adalah :
- Jurusan Peternakan Fakultas Pertanian
- Jurusan Budidaya Fakultas Pertanian
Tanggal 28 Januari 1988 dengan surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor. 034/0/1988 yang mendapat status terdaftar adalah :
- Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian Fakultas Pertanian.
- Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Pertanian.
Tanggal 28 Januari 1988 dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor. 043/0/1988 yang mendapat status terdaftar adalah :
- Jurusan Manajemen Fakultas Ekonomi.
- Jurusan Akuntansi Fakultas Ekonomi.
- Jurusan Hukum Keperdataan Fakultas Hukum.
- Jurusan Hukum Tata Negara Fakultas Hukum.
- Jurusan Ilmu Hubungan Masyarakat Fakultas Komunikasi.
- Jurusan Ilmu Hubungan International Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik.
Dengan adanya ketentuan baru dari konsorsium Ilmu Hukum, maka pada tanggal 3 Februari 1994 dengan Surat Keputusan Nomor. 59/Dikti/Kep/1994 telah ditetapkan kembali status terdaftar bagi Program Studi Ilmu Hukum Fakultas Hukum.
Tanggal 11 Agustus 1992 dengan Surat Keputusan Dikti Depdikbud Nomor : 363/Dikti/Kep/1992 yang mendapat status diakui adalah :
- Jurusan Peternakan Fakultas Pertanian
- Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian Fakultas Pertanian.
- Jurusan Ilmu Administrasi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik.
 
Tanggal 28 Januari 1994 dengan Surat Keputusan Nomor : 35/Dikti/Kep/1994 yang mendapat status diakui adalah :
- Jurusan Manajemen Fakultas Ekonomi
 
Tanggal 28 Januari 1994 dengan Surat Keputusan Nomor : 45/Dikti/kep/1994 yang mendapat status disamakan adalah :
- Jurusan Ilmu Administrasi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP)
- Jurusan Peternakan Fakultas Pertanian (FATAN)
Pada Tanggal 22 Desember 1998 berdasarkan SK Badan Akreditasi Nasional (BAN)
Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia yang
mendapat status terakreditasi adalah :

Mengingat Fakultas Ilmu Komunikasi (FIKOM) dengan jurusan-jurusannya dan Jurusan Ilmu Hubungan International Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) sejak dibuka tahun 1987 sampai tahun 1994 tidak ada peminatnya, maka dengan keputusan Badan Pengurus Yayasan PSPI Nomor: 020/BP-YPSPI/SK/VII/94 tanggal 30 juni 1994 ditutup dan telah dilaporkan ke Kopertis Wilayah IV Jawa Barat.
Dalam rangka melengkapi Misi Yayasan Pusat Studi dan Pengembangangan Islam (YPSPI) maka pada Tahun Akademik 1994/1995 telah dibuka Fakultas baru, yaitu Fakultas Studi Islam (FASTI) Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 137 Tahun 1995 Tentang Pemberian Status Terdaftar untuk dengan jurusan-jurusan adalah :
- Manajemen Dakwah (MND)
- Pengembangan Masyarakat Islam (PMI)
- Ahwal Al-Syakhsyiyyah (SYARIAH)/ Peradilan Agama Islam (PAI)
- Kependidikan Islam (PEI)
- Muamalah / Ekonomi Islam (MEI)